Магистърската програма по Мениджмънт на водния транспорт се предлага в рамките на акредитираното професионално направление “Администрация и управление” от област на висшето образование “Социални, стопански и правни науки”. Същата надгражда едноименната бакалавърска програма и има за цел подготовката на кадри на управленско ниво в областите на корабния бизнес и морската администрация. Получената квалификация при обучението по специалността “Мениджмънт на водния транспорт” позволява на випускниците да се реализират във всички държавни и частни предприятия и организации на морската индустрия на длъжности, изискващи знанията, уменията и компетентностите, заложени в изискванията на НКР – ниво 7, магистър.
Завършилите специалността могат да работят като ръководители в отдели и бюра, занимаващи се с международна търговия и транспорт, маркетинг, персонал, икономически анализи и др., както и да осъществяват организационно-управленска дейност в стопански и нестопански организации, включително да ръководят звена и отдели на средните и висши равнища на управление в системата на водния транспорт.
Магистърската програма е с продължителност една години за студенти от същата специалност и две години за студенти от друга специалност. Учебният план позволява задълбочена подготовка по специфичните за специалността дисциплини и включва богат набор от избираеми и факултативни дисциплини. Обучението завършва с разработването и защитата на дипломна работа.