Научно-изследователската и развойната дейност способстват за утвърждаването на ВВМУ „Н.Й.Вапцаров“ като център на военноморските науки и морските технологии.
Основни области на научноизследователската дейност в училището са:
– Военноморско въоръжение и техника;
– Корабоплаване;
– Морски технологии;
– Морско образование и квалификация на кадри за ВМС и морската индустрия.
Главните направления на научната дейност включват перспективни и научно-приложни изследвания.
Провеждат се теоретични проучвания, разработват се концепции и прогнози, обзори и анализи в областта на военноморското въоръжение и техника, морските науки и технологии.
Извършват се изследвания и разработки в областта на развитието на системата за въоръжения във Военноморските сили и Българската армия, безопасността на корабоплаването, ефективността и надеждността на морската техника.
Работи се по проекти от Плана за научноизследователската и развойната дейност на Министерство на отбраната, за нуждите на водния транспорт и морската промишленост и плана на ВВМУ.
Провежда се съвместна дейност и сътрудничество с институти и изпълнителни звена на регионално, национално и международно ниво.
ВВМУ има споразумения за сътрудничество с Института по хидро- и аеродинамика, Института по океанология, заводи от военнопромишления комплекс на Р България и др.
ВВМУ участва в създаването на научни сдружения и формиране на съвместни перспективни изследователски програми, като Високотехнологичния бизнес – инкубатор – Варна, Националната океанографска комисия към ЮНЕСКО и др.