Поддържането на високо качество на обучение е традиционен приоритет в дейността на ВВМУ. Ние сме първото висше училище, което въвежда система за управление на качеството. Първоначално само за специалност „Корабоводене” през 2000 г. по стандарт БДС EN ISO 9001:1994. Три години по-късно през декември 2003 г, след усилена работа по подготовка и изработване на необходимата документация, е внедрена цялостна Система за управление на качеството на обучението и на академичния състав по стандарт BS EN ISO 9001:2000. Към текущия актуален международен стандарт за качество ISO 9001:2015 ВВМУ преминава през 2018 г. Сертифицираща и одитираща организация е Lloyd`s Register Quality Assurance (LRQA).
Съдържанието, структурата, задачите и основните документи на системата за управление на качеството във ВВМУ са в съответствие със Закона за висшето образование, Закона за отбраната и въоръжените сили на Република България, Правилника за дейността на ВВМУ „Н. Й. Вапцаров”, Международната конвенция за вахтена служба и нормите за подготовка и освидетелстване на морските лица (STCW-78/95), Препоръките на Mеждународната морска организация за подготовка на корабни специалисти (IMO), както и регламентите на Изпълнителна агенция „Морска администрация” . Обект на тази система са организацията на обучението по всички специалности и дейността на всички учебни, административни и обслужващи звена в училището. Съдържанието на учебните планове и учебните програми, както и цялостната организация на учебния процес във ВВМУ, са насочени към покриване на европейските и световните образователни ценности.