През 1893 г. в Русе е формиран първият „Временен курс по военноморски науки“ – за подготовка на строеви офицери. Доколкото Морското училище от 1881 г. е не само начало на ВВМУ, но и праобраз на съвременния Факултет „Инженерен“ и повечето катедри в него, то следва да се подчертае, че Временният офицерски курс от 1893 г. е праобраз на съвременния Факултет „Навигационен“, както и на такива катедри в него като „Организация и управление на тактическите подразделения от ВМС“, „Корабоводене“ и „Експлоатация на флота и пристанищата“. Фактически с формирането на Временния курс започва историческото развитие на образователните структури, свързани с подготовката на корабоводители у нас.
В курса се обучават офицери, завършили Военното училище в София с цел придобиване на военноморска квалификация, а така също български възпитаници на задгранични военноморски училища, които по някаква причина не успяват да се дипломират в чужбина. Слушателите във Временния офицерски курс полагат изпит и придобиват правоспособност на военноморски офицери.
В началото на новия ХХ век е направена поредна крачка напред в Унтерофицерската морска школа. През 1900 г. тя е оглавена от лейтенант Тодор Соларов. Именно при него учебното заведение е преместено във Варна и преименувано на Машинно училище при Флота. Т. Соларов обосновава необходимостта от по-задълбочена подготовка на възпитаниците му, в резултат на което през 1904 г. със закон на Народното събрание училището става първото средно техническо учебно заведение в страната, като срокът на обучение е удължен до шест години. През 1906 г. училището издава първите зрелостни свидетелства. През 1910 г. във Варна е построена първата специално проектирана и построена за целта сграда за нуждите на Машинното училище при Флота на Негово Величество.
Частта, останала в Русе, е преобразувана в Минно-огнярно училище (Минно училище с огнярска школа), със срок на обучение четири години, включително и практическо обучение, като първите две години от обучението на учениците се признават за отбиване на задължителната им военна служба. Минно-огнярното училище през 1909 г. е временно закрито. През 1912 г., поради нарасналите нужди на флота от технически кадри, то е възстановено с названието „Морски специални школи“, които на свой ред се подчиняват на новосформирана във Варна структура, наречена Учебна част (впоследствие преименувана на Морска учебна част).
Школите са формирани през 1912 г. През 1913 г. в тях е приет първият випуск от 34 възпитаници. Първоначално Морските специални школи имат три отдела (школи): минно-електротехнически, огнярен и кормчийски. В хода на Първата световна война са формирани и за кратко време функционират Водолазна школа и Радиотелеграфна школа.
Курсът на обучение в школите е четиригодишен. Те може да се приемат за праобраз на съвременния Департамент за следдипломна квалификация и Професионален старшински колеж в състава на ВВМУ „Н. Й. Вапцаров“.
Още през 1912 г. под шапката на Учебната част влизат не само Специалните школи, но и Машинното училище при Флота на Негово Величество.
През войните за национално обединение (1912 – 1918 г.) възпитаниците на Учебната част участват в миннозаградните и миночистачните действия, атаката срещу крайцера „Хамидие“, стоварването в Балчик, Каварна и Калиакра, в боя при Балчик от 13 декември 1916 г. На тях се пада честта да овладеят новата техника във флота: водомоторната авиация и първата българска подводница. През този период в училището започва изучаването на френски, а след това и немски език, в резултат на което именно измежду възпитаниците на Машинното училище при Флота на Негово Величество се извършва подбор на бъдещите флотски офицери, за да бъдат изпращани за обучение във Военноморското училище в Ливорно (Италия, 1914 г.), а след това и във Военноморското училище „Мюрвик” (Германия, 1916 – 1918 г.).
В самото Машинно училище също назряват промени. През 1917 г., след кратък квалификационен курс на подбрана група възпитаници на флотската алма-матер, е произведен първият офицерски випуск на училището. През 1918 г. училището получава сградата на днешния Аквариум в Морската градина, където остава до 1922 г.
След края на войните за национално обединение морската образователна система е подложена на реорганизация.