За предшественик на Катедрата трябва да се приема „Временният курс по военноморски науки“, протекъл за пръв път през 1893 г. в гр. Русе. В него се извършва преквалификация на сухопътните офицери, приети на служба във Флотилията и Морската част (официалното название на ВМС на Княжество България). В отделни случаи този курс завършват кадети, учили във военноморски училища зад граница, но по една или друга причина не успели да получат диплома за завършено военноморско образование. Първоначално в курса офицерите се подготвят самостоятелно и се явяват на изпити пред компетентна комисия.

За пръв път през 1914 – 1915 г. в курса се води системен учебен процес, четат се лекции и е организирана учебна плавателна практика под ръководството на наставник. През 1920 г. за пръв път на завършилите този курс се издават свидетелства за завършено висше специално военноморско образование. По-нататък тази практика продължава до 1931 г. в рамките на Висшия корабоначалнически курс, като срокът на обучение достига три години. Доколкото названието на тази структура е курс, а освен това от него водят началото си и други структури на Морското училище (напр. Факултет „Навигационен“ и Катедра „Корабоводене“), то неговата поява се смята за предшественик на катедра „Експлоатация на флота и пристанищата“.

Катедра „Експлоатация на флота и пристанищата“ се обособява през 1965 г., след отделяне на програмата от катедра „Корабоводене“. Създаването се налага от необходимостта да се повиши специалната подготовка на корабоводителите, особено на тези за търговския флот. Учебно-материалната база в началото е оскъдна – липсват кабинети, учебници и учебни пособия. Едва след настаняването на Катедрата през 1976 г. в западния учебен корпус се създават и обзавеждат оригинални учебни кабинети. Изгражда се необходимата лодъчна база, съоръжена с десетгребни катера, гребноветроходни лодки „ЯЛ-6“, ветроходни яхти и моторен катер. Нивото на обучение се провежда и поддържа в съответствие с изискванията на Международната морска организация.