На 21.06.2012 г. Националната агенция за оценяване и акредитация към Министерския съвет дава институционална акредитация на ВВМУ „Н. Й. Вапцаров“ с оценка 9,16 и срок на валидност шест години.
На 14.05.2018 г. в Училището пристигна експертна група от Националната агенция по процедура за нова институционална акредитация през следващия период.
Експертната група е в състав:
- Проф. д-р Евгени Петров Манев – УниБИТ – ръководител;
- Проф. д-р Емил Иванов Люцканов – Център за изследвания по национална сигурност и отбрана (ЦИНСО) към БАН;
- Проф. д-р Миленко Бодин – Университет на Белград;
- Доц. д-р Христо Атанасов Христов – ШУ „Епископ Константин Преславски“;
- Георги Стефанов Хинов – студент.
Наблюдаваща процедурата е проф. д.н. Севдалина Димитрова.
В рамките на 4 дни комисията ще се запознае със състоянието на учебната и материално-техническата база на Училището, ще проведе срещи с деканите на факултетите „Инженерен“ и „Навигационен“, ще се запознае със системата за качество. Групата ще бъде запозната с проектната дейност на Военноморското училище. Предвидени са срещи с обучаеми, преподаватели и работодатели, развиващи бизнес, свързан с морската индустрия.
След приключване на процедурата ще бъде изготвен доклад, отчитащ резултатите от извършената проверка.